Potřeboval jsem mezery v cestě nahradit nulami … povedlo se.

set file_log="c:\logs\log_%date:~-4,4%%date:~-10,2%%date:~-7,2%_%time:~0,2%%time:~3,2%%time:~6,2%.log"
set file_log=%file_log: =0%

V podstatě jde o to, že čísla do 10 se doplní nulou na dva znaky (i.e. 2 –> 02).

Pozadí řešeného problému najdete v příspěvku Příkazová řádka: krájení stringu